バラのゲノム解読

　バラのゲノム解読に関する研究（Raymond et al., 2018）が公表されました。バラの現生種は、その美しさと匂いが珍重されていますが、品種改良の手段となる遺伝的情報をじゅうぶんに利用するには、バラの複雑なゲノムの解読が必要とされます。しかし、過去に発表されたバラのゲノムのアセンブリーは高度に断片化されていたため、解読が困難でした。この研究は、ロングリード塩基配列解読法と小胞子培養法のプロトコルを適用して、バラの現生種で「オールドブラッシュ」と呼ばれるコウシンバラ（Rosa chinensis）の高精度ゲノムを組み立てもした。こうして組み立てられたゲノムは、現存する植物ゲノムの塩基配列の中で最も完全な形を有するものの一つとなりました。

　また、この研究は、コウシンバラと他の植物（イチゴ・アンズ・モモ・リンゴ・セイヨウナシ）との比較ゲノム解析を行ない、バラの祖先と進化を探究し、ゲノム情報と生化学解析・分子解析を組み合わせることで、バラの色と匂いに関連する遺伝的経路を新たに同定しました。さらに、この研究は、バラの栽培種の遺伝的改良において標的候補となり得る開花遺伝子の候補を同定した上で、この論文に示されるゲノムリソースと新たな知見により、研究者と育種家がバラの開花・色・水利用効率を操作し、匂いを強くし、切り花にした時の日持ちをよくするための基礎が築かれた、という考えを示しています。以下は『ネイチャー』の日本語サイトからの引用です。


バラのゲノムを解読する

　バラの現生種のゲノム塩基配列をテーマとする論文が、今週掲載される。この標準ゲノムは、バラの独特な色と匂いの原因となる遺伝子と代謝過程を解明するための分子的な手掛かりになっている。

　バラの現生種は、その美しさと匂いが珍重されているが、品種改良の手段となる遺伝的情報を十分に利用するためには、バラの複雑なゲノムの解読が必要とされる。しかし、過去に発表されたバラのゲノムのアセンブリーは高度に断片化されていたため、解読が難しかった。

　今回、Mohammed Bendahmaneたちの研究グループは、ロングリード塩基配列解読法と小胞子培養法のプロトコルを適用して、バラの現生種で「オールドブラッシュ」と呼ばれるコウシンバラ（Rosa chinensis）の高精度ゲノムを組み立てた。こうして組み立てられたゲノムは、現存する植物ゲノムの塩基配列の中で最も完全な形を有するものの1つとなった。また、Bendahmaneたちは、コウシンバラと他の植物（イチゴ、アンズ、モモ、リンゴ、セイヨウナシ）との比較ゲノム解析を行い、バラの祖先と進化を探究し、ゲノム情報と生化学解析、分子解析を組み合わせることで、バラの色と匂いに関連する遺伝的経路を新たに同定した。

　さらに、Bendahmaneたちは、バラの栽培種の遺伝的改良において標的候補となり得る開花遺伝子の候補を同定した上で、この論文に示されるゲノムリソースと新たな知見によって、研究者と育種家がバラの開花、色、水利用効率を操作し、匂いを強くし、切り花にした時の日持ちをよくするための基礎が築かれたという考えを示している。


参考文献：
Raymond O. et al.(2016): The Rosa genome provides new insights into the domestication of modern roses. Nature Genetics, 50, 6, 772–777.
https://dx.doi.org/10.1038/s41588-018-0110-3